Năm 1564, Mạc Cảnh Huống lập gia đình với bà Nguyễn Thị Ngọc Dương, là em gái của phu nhân Đoan quốc công Nguyễn Hoàng. Và như vậy, Mạc Cảnh Huống và Nguyễn Hoàng là anh em đồng hao với nhau. Nếu căn cứ vào năm sinh của Mạc Cảnh Huống thì ông kém Nguyễn Hoàng (1525 - 1613) 17 tuổi.

Năm 1568, Mạc Cảnh Huống đã đưa gia quyến vào Thuận Hóa, có thể với mục đích tạo dựng cơ đồ lâu dài cho họ Mạc trên dải đất phương Nam trong thế đối chọi với nhà Lê-Trịnh (Lê Trung Hưng) ở phía Bắc. Mạc Cảnh Huống cũng như người anh của mình Khiêm vương Mạc Kính Điển (?-1580) là người có tài năng trong lĩnh vực quân sự. Ông giúp đã hoạch định chiến lược quân sự của họ Nguyễn (Nguyễn Hoàng) ngay từ buổi đầu dựng nghiệp trên vùng đất mới, cùng với Nguyễn Ư Kỷ và Tống Phước Trị được coi là ba bậc khai quốc công thần của nhà Nguyễn buổi sơ khai. So với hai công thần nói trên, Mạc Cảnh Huống là người phục vụ lâu dài nhất dưới thời các Chúa Nguyễn, trải qua 3 đời chúa nối tiếp nhau kể từ thời Chúa Tiên Nguyễn Hoàng qua Chúa Sãi Nguyễn Phúc Nguyên cho đến Chúa Thượng Nguyễn Phúc Lan.

Ông cũng là vị chỉ huy tối cao của quân đội Đàng Trong, người vạch ra chiến lược quân sự để chống quân Trịnh ở phía Bắc và bình định Chiêm Thành ở phương Nam. Dưới thời Nguyễn Hoàng, ông đã đóng góp nhiều công lao trong công cuộc Nam tiến, đánh chiếm Đồng Xuân và Tuy Hòa của Chămpa vào năm 1611, mở rộng bờ cõi Đại Việt về phía Nam. Để ghi nhận công lao của ông, năm 1617, chúa Tiên Nguyễn Hoàng tấn phong ông chức Nguyên huân Sư Thống thủ Thống Thái phó hay còn được gọi là Thống binh Thái phó và sau này còn được ban quyền mang họ của nhà Chúa là Nguyễn Phúc (đến thời Tây Sơn đổi thành Nguyễn Trường).

Dưới thời Chúa Sãi Nguyễn Phúc Nguyên, ông đã có vai trò quan trọng trong đường lối hòa bình để bình định bộ tộc Man ở Ai Lao thường hay cướp bóc, quấy rối ở biên giới phía Tây năm Tân Dậu (1621). Tiếp đó, ông cũng góp phần vào chiến thắng quân Trịnh do các tướng Nguyễn Khải và Nguyễn Danh Thế theo lệnh của chúa Trịnh Tráng đánh vào Đàng Trong lần thứ nhất vào năm 1627 và ngăn chặn được sự tấn công lần thứ hai của quân Trịnh vào năm 1633.

Để đáp lại mối thâm tình về việc Mạc Cảnh Huống đã gả cháu gái Mạc Thị Giai cho mình, Chúa Sãi Nguyễn Phúc Nguyên về sau gả con gái trưởng của mình là công chúa Nguyễn Phúc Ngọc Liên cho con trai trưởng của Mạc Cảnh Huống là Mạc Cảnh Vinh và do được ban họ Chúa mà phò mã Mạc Cảnh Vinh còn có tên khác là Nguyễn Phúc Vinh.

Trong quá trình xây dựng lực lượng vũ trang và chỉ huy quân đội Đàng Trong trong nhiều năm cũng như từ những bài học của thực tiễn chiến tranh, Thống binh Thái phó Mạc Cảnh Huống đã giành tâm huyết biên soạn cuốn sách về phép dùng binh, có tên là Binh thư trận đồ nhưng sau này cuốn sách đã bị thất lạc. Sức mạnh của quân đội Đàng Trong có sự đóng góp quan trọng của Mạc Cảnh Huống với tư cách là tổng chỉ huy quân đội.

Mạc Cảnh Huống giúp phò tá Chúa Thượng Nguyễn Phúc Lan cho đến năm Mậu Dần (1638) mới xin từ quan ở tuổi 96 để chuyên tâm tu hành. Ông chọn làng Trà Kiệu, huyện Diên Phước, dinh Quảng Nam (nay là xóm Hoàng Châu, xã Duy Sơn, huyện Duy Xuyên, tỉnh Quảng Nam) để định cư và trở thành thủy tổ của tộc Mạc ở đây.

Các nhà viết sử triều Nguyễn sau này đã đánh giá cao sự đóng góp của Mạc Cảnh Huống trong việc xây dựng vương triều nhà Nguyễn buổi sơ khai: Khi Thái tổ Hoàng đế (chỉ Nguyễn Hoàng) vào Nam trấn Thuận Hóa, Tống Phước Trị sớm dâng bản đồ sổ sách trong xứ, lại cùng Uy Quốc công Nguyễn Ư Kỷ, Thống binh Mạc Cảnh Huống đồng tâm tận lực phụ tá vương thất, thật có công trạng trong thời quốc sơ vậy. Cảnh Huống dần dần làm quan tới chức Thống binh, góp mưu nơi màn trướng công lao phụ tá buổi quốc sơ ngang với Nguyễn Ư Kỷ, Tống Phước Trị.